A fost zidită de Dan Danilovici mare logofăt, în 1586-1587, în timpul Domnului Mihnea II Turcitul, lângă un izvor tămăduitor aflat pe malul Colentinei. Numele de Mărcuţa i s-a dat, de la nepoata lui Dan logofăt, Vişa, fiica lui Marco armaşul (zisă Mărcuţa), care o repară la 1679 şi clădeşte chilii în jurul bisericii. Mitropolitul Ştefan al II-lea a adăugat pridvorul şi clopotniţa din incinta exterioară, a făcut cadrul din piatră al ferestrelor şi al uşii de intrare, o zugrăveşte aşa cum spune pisania din 1733, în timpul domniei lui Grigore II Ghica.În timpul domniei lui Alexandru Ipsilanti (1774-1782) se adaugă în jurul bisericii un han cu prăvălii şi ziduri ca de cetate şi se rezideşte clopotniţa din incinta interioară. Pe la 1820, în clădirile mănăstirii, este mutat un ospiciu pentru alienaţi, apoi după 1925 o şcoală de reeducare şi apoi pentru copii infirmi. O icoană făcătoare de minuni este adusă la 1848, de la schitul Malamuc – Buzău (de aici denumirea modificată în „balamuc”). La mijlocul secolului al XIX-lea este restaurată de arh. Johann Schlatter şi arh. Beniş. Între 1933-1941 mănăstirea a fost restaurată parţial, lucrările fiind conduse de arh. Em. Costescu de la Comisia Monumentelor Istorice. Intre 1945-1957 s-au făcut ample lucrări de reparaţii. Din 1966-1984 se continuă restaurarea în vremea preotului paroh Nicolae Pretorian. Este reconstituită turla Pantocrator, după urmele păstrate, este restaurat pridvorul şi este invelită cu tablă de aramă. O nouă tâmplă  este lucrată în lemn de nuc de sculptorul Aurel Obreja. Pictura a fost restaurată. Face parte din bisericile inspirate de planul bisericii de la Cozia, triconc cu o turlă pe naos (21,6 x 6,5-11,5 m), cu pereţi groşi de cca 80 cm. Faţadele sunt decorate în cărămidă aparentă aşezată în rânduri orizontale, alternate cu fâşii tencuite, întrerupte de câte două cărămizi poziţionate vertical. Ele sunt împărţite de un brâu simplu de cărămizi rotunjite, în două registre inegale, compuse din arcaturi executate cu aceleaşi cărămizi speciale. La restaurare, paramentul a fost scos de sub tencuiala ce fusese aplicată în secolul XVIII. Decoraţia exterioară a bisericii este elementul cel mai interesant şi valoros, care o situează printre cele mai importante monumente religioase din a doua jumătate a secolului al XVI-lea.  În faţa porţii vechii Mănăstiri Mărcuţa, între 1999-2005 a fost ridicată o nouă biserică cu hramul Înălţarea Domnului.