Ca in restul segmentelor examinate, MRI aduce informatii importante in cazul patologiilor abdomino-pelvine. Daca la nivelul abdomenului superior CT este de asemenea foarte util in diagnostic, in cazul micului bazin MRI castiga suprematia fata de toate tipurile de investigatii imagistice.

Beneficiaza de MRI atat patologia tumorala benigna sau maligna (hepatica, a vezicii biliare, cailor biliare, panceratica, renala, suprarenaliana, a organelor din micul bazin - vezica urinara, uter, ovare, prostata vezicule seminale inclusiv pentru diferentierea dintre benign si malign), cat si patologia infectioasa - abcese.

Sunt indicate in bolile specifice diferitelor organe: ficat - hepatomegalie, infectii hepatice (abcese, chist hidatic), tumori; pancreas (pancreatite, tumori ); rinichi - necroza tubulara acuta, stenoza de artera renala, tromboza de vena renala, hidronefroza (tumefactia rinichilor datorita blocajului la nivelul cailor urinare), rejet al transplantului, infectii urinare inalte sau joase, insuficinta renala cronica sau acuta; splina- splenomegalie, patologie posttraumatica (la cazuri selectionate); adenopatii (tumefierea ganglionilor limfatici); patologie vasculara (anevrism de aorta, obstructii de vena cava, obstructii de vena porta).