Călugării franciscani bulgari ridicaseră în sec. XVII-lea pe locul actualei biserici o biserică din lemn. În anul 1716 voievodul Ștefan Cantacuzino promisese secretarului său, Giovanni Del Chiaro, că va repara "bisericuța de lemn a catolicilor ce stă să cadă". Ștefan Cantacuzino a fost însă nevoit să abdice în același an.
În cartea "Istoria fondărei orașului București", de Dimitrie Papazoglu, există următoarea informație: Bărăția sau Biserica Catolicilor s-a fondat de un italian, anume Delcioaro, în vremea lui Ștefan Vodă Cantacuzino, cu berat de la Poarta Otomană, și de aceea i s-a pus numele de Bărăție, adică document, autorizație. [1]
Reparația bisericii a fost efectuată din contribuția financiară a împăratului Leopold I, care a donat în acest scop suma de 1.500 ducați de aur. La aceasta s-a adăugat contribuția voievodului Nicolae Mavrocordat, care a donat 280 de ducați de aur. În timpul incendiului din 1847 biserica a fost grav afectată. Reconstrucția s-a făcut prin efortul financiar al casei imperiale de la Viena, care a donat suma de 4.000 guldeni. Forma actuală a bisericii datează din anul 1848.
În lucrarea sa referitoare la situația religioasă din România, arhiepiscopul Raymund Netzhammer notează: "Complexul Bărația datează din anul 1848, deoarece în 1847 un foc devastator a mistuit atât biserica cât și turnul". Clopotul cel mare al bisericii datează din anul 1855 și a fost realizat pe cheltuiala împăratului Franz Josef.
În anul 1948 cea mai mare parte a complexului a fost confiscată de autoritățile comuniste.
Biserica Bărăţiei şi Turnul Bărăţia au fost renovate în anul 1952. În anul 1979, s-a făcut restaurarea casei parohiale şi a Turnului Bărăţiei. În lunile martie aprilie 1999, au fost renovate faţada şi capela bisericii.
