Când a pus piatra de temelie a complexului mănăstiresc de la Pasărea, în cadrul unei ceremonii deosebite, profund religioase, Sf. Calinic avea experienţa ctitoriei de la Cernica, pe care a căutat s-o imite arhitectural şi pictural, dar pe care a îmbogăţit-o folosind la maxim spaţiu avut la dispoziţie, lăsând pentru urmaşi un ansamblu de o armonie şi originalitate deosebită.

Din combinaţia de stiluri şi modul de organizare a incintei se simte rolul hotărâtor al sfaturilor sale ca un trăitor în Domnul de aleasă înălţime.

Şi Pasărea, ca şi Cernica nu a fost înconjurată de ziduri înalte de piatră, cu metereze şi drum de strajă, cum găsim la mănăstirile din nordul Moldovei, ci un gard de nuiele la începuturi, iar în timpul de astăzi cu gard din beton.

În schimb are portal, iar turnul clopotniţei este retras şi prins într-un ansamblu de chilii în formă de “U”. Spre deosebire de structura clasică a mănăstirii româneşti, în care chiliile sunt lipite de zidul de incintă, la Mănăstirea Pasărea apar în plus chiliile care sunt înlocuite cu construcţii autohtone de tip casă de locuit, într-o arhitectură populară românească tipică sec. XVIII şi XIX; acestea se desfăşoară pe o parte şi de alta a unui drum de incintă – carosabil care înconjoară suprafaţa propriu-zisă a Mănăstirii.

Arhitectura românească se zugrăveşte într-o serie de construcţii având specific faţadele mixte de lemn şi zidărie, cu cerdacuri desfăşurate de-a lungul lor. Cerdacurile sunt construite din lemn cu stâlpi sculptaţi în stil popular.

Biserica Mănăstirii Pasărea este monumentul principal al întregului complex. Plasată în mijlocul incintei se remarcă prin mărime, eleganţă, simplitate decorativă şi echilibrul proporţiilor. Datorită dimensiunilor sale (39m lungime şi 17m pe axul longitudinal al barelor laterale din zona naosului), poate fi apreciată fără greş drept o impunătoare catedrală.

Arhitectura bisericii  Mănăstirii Pasărea reprezintă o sinteză originală şi reuşită a unor elemente din structura bisericilor din sec. XVII-lea din Ţara Românească. Are formă treflată cu navă centrală şi pridvor, dar prevăzut cu ferestre. Este dotată cu trei turle de formă octogonală terminată cu un acoperiş cupolă din tablă, despărţit prin coame metalice tot în 8 părţi, pe care se află ornată câte o cruce de aceeaşi mărime şi la fel de semnificativ ornată ca cea de pe turla mare a clopotniţei. Pe acoperişul Sfintei Biserici mai există doua cruci similare, una deasupra antreului (la jumătate în punctul de întâlnire a apelor) şi cealaltă deasupra altarului (deci în total cinci cruci).

Turlele mici sunt înfundate şi amplasate simetric faţă de axul longitudinal, deasupra pronaosului. Cea mare este deschisă până în plafon; este centrată faţa de axul Bisericii şi susţinută de naos. Are 4 ferestre dreptunghiulare situate pe laturile cardinale, care împreună cu cele 10 ferestre (5 pe o parte, 5 pe cealaltă) practicate în pereţii laterali ai bisericii, aduc lumină în interior creând în zilele cu soare o atmosferă coloristică deosebită.

    Exteriorul prismelor octogonale ale turlelor este împărţit în două registre separate de un brâu în două trepte executat din tencuială trasă cu şablonul ca şi la turla mare a clopotniţei. Muchiile par a fi stâlpi falşi angajaţi în zid. Peste capitelurile tot false se încinge o friză cu câte 5 embleme sub formă de rozetă pe fiecare latură a octogonului la turla mare şi respectiv 3 rozete la turlele mici, câte 6 rozete sunt plasate în registrul de jos al fiecărei turle, trei de o parte şi trei de alta a axei longitudinale. Acoperişul nou şi strălucitor este din tablă zincată.

Pereţii laterali, înalţi de cca. 8 m sunt împărţiţi în trei registre. Cel superior este despărţit de cel mijlociu printr-un brâu simplu. Acest registru cuprinde ocniţe (nişe) prelungite, decorate cu trei rozete pe fiecare latură a bisericii. În registrul mijlociu, care este şi cel mai mare s-au practicat ferestre dreptunghiulare şi mari ca şi la turla mare. Soclul, care formează registrul inferior este îmbrăcat cu tencuială de praf de piatră, depăşind grosimea zidului cu 4-5 cm.

Arta faţadei dinspre vest, unde se găseşte ca de obicei intrarea în biserică este împărţită în trei panouri delimitate de stâlpi aparenţi, angajaţi în zidărie. Panourile laterale au o mărime de ½ din panoul de mijloc. În cele mici (dispuse lateral) de o parte şi de alta a intrării s-au practicat ferestre dreptunghiulare mari, având superior ancadrament gotic, iar în cel mijlociu, uşa de la intrare, baldachin pe 4 colonete cu capitel şi soclu ridicat deasupra solului cu trei trepte, special parcă pentru a-l desprinde pe credincios de cele pământeşti, al cărui acoperiş semicupolă, terminat printr-o cruce de format mic. Atât ferestrele cât şi intrarea sunt ornate cu coloane false angajate în zid. Peste capitelurile acestora s-au practicat arcaturi gotice. În arcatura de la mijloc este pictată cu deosebit rafinament imaginea Tatălui Ceresc, iar în arcaturile mici, Sfântul Ierarh Nicolae (în stânga intrării) şi Sfântul Calinic (de la Cernica) – ctitorul (în dreapta intrării).

Interiorul spaţios este adecvat pentru o obşte monahală numeroasă împărţit în pridvor, pronaos, naos şi altar; naosul şi pronaosul fiind despărţite prin iconostase dublu ornamentate cu icoane praznicale de format mare. Elementele arhitecturale interioare sunt concepute în stil neoclasic simplificat cu stâlpi interiori din piatră, spre deosebire  de bisericile mai vechi care aveau stâlpi interiori din cărămidă. Capitelul coloanelor este făcut dintr-o lespede simplă din piatră. Arcatura, bolţile şi cupolele sunt făcute din cărămidă. Bolţile sunt fie semicilindrice (cea din naos) fie semisferice (cea din pronaos). Absida din partea de răsărit ca şi cele de la miază-zi şi miază-noapte sunt toate în plan circular.

Înălţimea turlei s-a făcut în sistem moldovenesc pe arce şi triunghiuri sfericie care fac trecerea către turla cilindrică. Profilatura interioară este formată din socluri, brâie, cornişe, care limitează câmpul pictural. Pictura subliniază în general structura arhitecturală ocupând formulele respective.

Are pridvor închis prevăzut cu trei uşi dintre care cele laterale sunt înfundate, iar prin cea dinspre apus se pătrunde în Biserică. Acest pridvor are o lungime de 5 m şi o lăţime de 12 m fiind despărţit de pronaos prin zid. Deasupra uşii la intrarea în pronaos este aplicată o placă de piatră pe care se află scrisă cu litere chirilice pisania.