Misiunea Institutului Teologic Timotheus este de a forma crestini cu un caracter integru, maturi in Cristos, cu o cultura academica si teologica solida si echipati pentru a sluji pe Dumnezeu, astfel incât sa contribuie la extinderea Imparatiei lui Dumnezeu. Institutul Teologic Timotheus cultiva valorile spiritualitatii crestine asa cum sunt prezentate de Cuvântul lui Dumnezeu, Biblia. Nivelul stabilit pentru invatamântul superior si cercetarea teologica este in concordanta cu standardele universitatilor europene.